Saignelégier liegt auf 978 m ü. M., 22 km nordöstlich von La Chaux-de-Fonds (Luftlinie). Der Ort mit leicht städtischem Gepräge erstreckt sich auf einem breiten Sattel der Jurahochfläche der nördlichen Freiberge (französisch Franches Montagnes), am Rand des tief eingeschnittenen Tals des Doubs.

Saignelégier ist ein wichtiges Zentrum des Sommer- und Wintertourismus auf den Freibergen. Es besitzt seit 1985 ein grosses Freizeitzentrum mit Schwimmbad, Sporthallen, Konferenzräumen, einem Eislaufstadion und einem Hotel.

Alljährlich findet am zweiten Sonntag im August in Saignelégier der Marché-Concours national des chevaux, ein nationaler Pferdemarkt, statt. Diese Festivität zieht jeweils Tausende von Besuchern auch aus Regionen weit ausserhalb des Kantons Jura an.